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Vista aérea de una planta de tratamiento de aguas residuales en California. Investigadores de Stanford están analizando muestras en busca de rastros de COVID-19, ya que se puede detectar en la materia fecal poco después

Biotecnología

EE. UU. baja a las alcantarillas para perseguir a la cepa de Reino Unido

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Algunas regiones del país está analizando sus aguas residuales para averiguar la proporción de casos provocados por la variante británica con PCR digitales. Detectada por primera vez en enero, los primeros datos sugieren que esta versión del coronavirus se está expandiendo, pero es pronto para asegurarlo

  • por Antonio Regalado | traducido por Ana Milutinovic
  • 10 Febrero, 2021

La muy transmisible variante británica del coronavirus (COVID-19) ha sido detectada en los sistemas de alcantarillado de California y Florida (ambos en EE. UU.), lo que confirma su creciente presencia en el mundo. Entre otros sitios, las mutaciones genéticas de la cepa de Reino Unido ya se han detectado en aguas residuales extraídas de las tuberías de alcantarillado cercanas a grandes ciudades de ambos estados desde finales de enero.

La cepa B.1.1.7 de Reino Unido es una forma mutada del coronavirus descubierta por primera vez en el sureste de Inglaterra en diciembre. Aunque parece vulnerable a las vacunas autorizadas hasta la fecha, también hay indicios de que se propaga con más facilidad y ya se ha apoderado de algunos países como Israel, donde actualmente es responsable del 80 % de los casos. Algunos investigadores advierten que si esa variante se afianza, podría convertirse en la forma dominante en marzo en Estados Unidos.

Los nuevos datos de las aguas residuales encajan con otras estimaciones de que la nueva variante está aumentando su alcance. El 7 de enero, la empresa Helix y algunos investigadores de California utilizaron los resultados de las pruebas de pacientes para calcular que esta variante era responsable de entre el 1 %  y el 2 % de los casos en EE. UU. en su conjunto y del 4 % en Florida, aproximadamente cuatro veces la proporción encontrada a principios de enero.

En alcantarillas cercanas a la ciudad de Orlando, las comprobaciones de las aguas residuales sugieren que el 4 % de los contagiados tienen la nueva variante. El director de Obras Públicas y Servicios Públicos de la zona, Ed Torres, quien supervisa el programa de pruebas de las aguas residuales, afirma: "Creía que iba a ser en Miami (EE. UU.) o en áreas más grandes. Pero no".

Propagación local

Las pruebas de alcantarillado ofrecen una comprobación directa de cuántas personas están contagiadas con esta variante en algunas ciudades. Torres afirma que el modelo con el que trabaja indica que más de 200 personas están infectadas con esta variante solo en su región de recogida de las aguas residuales, de un total de 77.500 personas.

Las autoridades sanitarias del centro de Florida primero atribuyeron sus casos de B.1.1.7 a turistas que habían dado positivo, pero las pruebas de alcantarillado de Torres indican que esa variante también se está propagando a nivel local. Florida permanece en gran parte abierta para los negocios, incluidos los parques temáticos, que operan con el uso de mascarillas y distanciamiento físico.

Según los Centros para el Control y la Prevención de Enfermedades de EE. UU., solo 611 casos de B.1.1.7 a nivel nacional se han confirmado directamente mediante secuenciación genética de las muestras virales recogidas en hisopos nasales de los pacientes, y muchos de los positivos provienen de California y Florida. Debido a que solo un pequeño porcentaje de hisopos hospitalarios se analizan en busca de la forma del virus, el número real de casos de B.1.1.7 es seguramente mucho mayor.

Estados Unidos tiene menos capacidad que algunos países europeos para rastrear las variantes del virus porque los hisopos de los test de diagnóstico no se someten a una secuenciación genómica completa con tanta frecuencia, una situación que algunos expertos han comparado con "volar a ciegas" ante esta pandemia tan cambiante.

Según The New York Times, en enero, aproximadamente 1,4 millones de personas daban positivo por coronavirus cada siete días, pero menos de 3.000 de esas muestras clínicas se secuenciaban letra por letra, un paso que suele ser necesario para comprobar qué mutaciones ha adquirido el virus.

Vigilar las aguas residuales

Las aguas residuales ofrecen la oportunidad de controlar la variante de forma más amplia y con un coste menor. Un solo litro de agua sucia transporta los restos de virus vertidos en los inodoros por todas las personas que comparten un sistema de alcantarillado, ofreciendo una lectura sobre la salud de miles, incluso millones, de personas.

Desde la primavera pasada, algunas ciudades han utilizado pruebas moleculares en las aguas residuales como sistema de alerta temprana, ya que la cantidad del coronavirus en las aguas residuales puede predecir cuántas personas acudirán a los hospitales en el plazo de entre una semana y 10 días. La razón por la que los resultados de las aguas residuales suben o bajan antes que los números oficiales de casos es que parece que las personas empiezan a soltar el virus por los inodoros uno o dos días antes de sentirse enfermas y, a menudo, se necesita más tiempo para recibir el resultado de la prueba de diagnóstico.

"Se puede ver el pico posterior al Día de Acción de Gracias y el auge después de la Navidad", afirma el responsable de las comprobaciones de las aguas residuales del servicio público de Virginia Beach, Raúl González.

El registro COVIDPoops19 de la Universidad de California rastrea estas lecturas de aguas residuales de más de 1.000 sitios en 47 países. Los expertos en pruebas aseguran que el virus o sus fragmentos presentes en las aguas residuales no están vivos ni son peligrosos.

Los primeros resultados

Las pruebas de las aguas residuales utilizan una versión sensible de PCR, la tecnología de test empleada en los hospitales, denominada PCR digital, que también se usa en las biopsias líquidas para detectar signos de cáncer en una muestra de sangre.

Cuando en diciembre surgieron los primeros informes sobre la variante B.1.1.7, la empresa de Colorado (EE. UU.) GT Molecular fue la primera en cambiar el formato de su prueba de las aguas residuales para buscar esa variante. Eso implica analizar las aguas residuales en busca de dos mutaciones características de la cepa B.1.1.7.

La directora de I+D de la empresa, Rose Nash, detalla:  "Medimos la cantidad del virus que tiene la secuencia original y la cantidad del virus con secuencias mutantes. La mayoría de las muestras no dan positivo, pero lo que notamos en las que sí dan positivo son niveles de alrededor del 5 % de la nueva variante. Y creemos que va a aumentar".

Como las pruebas de las aguas residuales solo se han utilizado desde unas pocas semanas, es demasiado pronto para decir si los niveles de la nueva variante están aumentando o disminuyendo a partir de esa única evidencia. "Todavía no hay una tendencia clara en la variante", asegura el responsable de gestionar los datos de la ciudad costera Oxnard al noroeste de Los Ángeles, California, Mike Shaffer, que en enero encontró niveles bajos de la nueva variante.

Shaffer también quiere confirmar que la prueba realmente detecta la variante de Reino Unido, y no una cepa similar, y señala que las muestras del alcantarillado de Oxnard se han enviado a la Universidad de Stanford (EE. UU.) para su secuenciación.  El CEO de GT Molecular, Christopher McKee, está de acuerdo en que el trabajo científico detrás de la prueba de las variantes "todavía es bastante incipiente".

Según GT Molecular, varios otros distritos de California y Florida tienen resultados positivos, pero no los han anunciado. Torres advierte: "Para mí el trabajo es inútil si la información no se hace pública. Debemos comunicárselo a las personas capaces de hacer algo al respecto".

No obstante, por ahora, las noticias sobre la nueva variante en las aguas residuales o sobre su propagación no han provocado ningún cambio importante en la política pública. Hasta el momento, no existe un plan nacional para hacer frente a la amenaza de que la nueva variante se propague rápidamente y aumente el número de casos.

El empleado de salud pública del condado de Ventura, donde se encuentra Oxnard, Robert Levin, presentó la semana pasada los hallazgos de las aguas residuales en una reunión de la junta supervisora. Afirma: "Encontraron una pequeña cantidad de las variantes que se consideran ultra transmisibles. El impacto que esto tendrá en nuestro condado no se puede predecir. Es algo totalmente desconocido".

Biotecnología

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