Hace un año, Illumina, una compañía genómicancon sede en Califo ia, secuenció parte del genoma de Beatrice, junto al denRienhoff y el de su mujer. El padre se ha pasado los últimos 12 mesesnanalizando los datos a la búsqueda de mutaciones que sean exclusivas de su hijanBeatrice.nnnn
Susnsíntomas recuerdan a una serie de enfermedades genéticas raras entre las que senincluyen el síndrome de Marfan, una enfermedad que genera tejido conectivondefectuoso y graves problemas cardiacos. Hasta ahora, Beatrice no tiene ningunande las mutaciones que se sabe provocan estas enfermedades, y su corazón parecenestar sano. Sin embargo esto no ha servido para aliviar la preocupación de sunpadre. "Lo que más me preocupa es que tenga riesgo de padecer una enfermedadnvascular," afirma.
Rienhoffnha enfocado su búsqueda en los genes involucrados en la via molecular de la transformaciónndel factor de crecimiento beta (TGF-β), una molécula común entre las distintasnenfermedades con síntomas parecidos al de Beatrice. La proteína estáninvolucrada en distintos aspectos del desarrollo, incluyendo el músculo liso.n(Antes de que Illumina secuenciase el genoma, Rienhoff había estado llevando ancabo su propio análisis genómico. Compró el equipamiento necesario para lanamplificación del ADN y empezó a aislar los genes involucrados en la víanmolecular del TGF-beta a partir de la sangre de su hija, enviándolos a otrosncentros para que fueran secuenciados.)
Con lanayuda de Vincent Butty, un científico de MIT, Rienhoff ha compilado una seriende variaciones genéticas en el genoma de Beatrice, filtrando y descartandonaquellas encontradas también en su genoma y el de su mujer. Trabaja con lanhipótesis de que la información genética culpable de la enfermedad surgió en elnADN de Beatrice y, por tanto, está ausente en los padres. Rienhoff y Buttynpresentaron los últimos descubrimientos de su búsqueda en la conferencianPersonal Genomes celebrada en Cold Spring Harbor esta semana--hasta ahora, hannidentificado aproximadamente 80 genes menos activos en Beatrice que en susnpadres.
Uno denlos mayores retos, afirma Rienhoff, reside en el tipo de software disponiblenpara analizar los datos. "Para formular las cuestiones que quiero formular, sennecesitaría un ejército," afirma. "Estoy intentando acortar la distancia entrenser un genomista y un genetista clínico. No creo que nadie se dé cuenta de londifícil que resulta. Estoy dispuesto a seguir adelante porque todo esto tienenmucha importancia para mi."
Afortunadamente,nRienhoff cuenta con nueva ayuda dentro de su búsqueda personal. Envió laninformación de la secuencia a George Church la semana pasada, un genetista denHarvard que dirige el Proyecto de Genómica Personal. Y Reinhart afirma quenacaba de ser contactado por varias compañías de secuenciación que se hannofrecido a hacer los genomas completos de la familia.
"Creonque aquí hay un mensaje--el estudio de las enfermedades raras nos da informaciónnsobre las enfermedades comunes," afirma Rienhoff. "Si nos fijamos en el númeronde enfermedades relacionadas con el TGF-beta y el síndrome de Marfan, puede quenpodamos encontrar explicación a un buen porcentaje de los aneurismas aórticos.nEl mismo medicamento que sirve para tratar el Marfan puede que sirva parantratar las demás enfermedades.
Segúnnun blog en Nature.com, Illumina tiene previsto expandir el proyecto densecuenciación.
Puestonque Illumina lleva a cabo la secuenciación a partir de transcripciones de ARNm,nVincent Butty desde el Instituto de Tecnología de Massachusetts--que ha estadonanalizando los datos--ha sido capaz de ver las relaciones directas entre lansecuencia de los genes y sus niveles de expresión. Por ejemplo, ha encontradonuna variante del CPNE-1 con un solo cambio de par de base. Tanto Rienhoff comonsu mujer tienen una copia normal del gen y una copia de la variante, aunquenBeatrice heredó ambas copias de la variante, y su expresión del gen estánreducida drásticamente en comparación con sus padres. Sin embargo, no estánclaro aún si la variante es responsable de su enfermedad, y hay muchos datosnimportantes que aún hay que analizar.
Sinnembargo, Illumina tiene previsto llevar a cabo este estilo de perfilntranscriptivo en hasta nueve trios familiares más, cinco de los cuales tienennhijos que han sido diagnosticados con el síndrome de Loyes Dietz, y los otrosncuatro con una serie de presentaciones clínicas entre las que se incluyen elnautismo, retrasos en el desarrollo y fallos cardiacos congénitos.n