Mediante la secuenciación del genoma completo de numerosas muestras de la conocida bacteria MRSA (que son las siglas en inglés del estafilococo áureo resistente a la meticilina)--una cepa de estafilococo resistente a los fármacos y responsable de miles de muertes en los EE.UU. cada año—los investigadores en el Instituto Wellcome Trust Sanger del Reino Unido han logrado obtener pistas sobre la forma en que el microbio viaja alrededor del mundo y en los hospitales locales. Los científicos afirman que este método arrojará luz sobre la epidemiología de la problemática bacteria y ayudará a que los programas de salud públicos se enfoquen en su prevención de forma más efectiva.

La investigación, que hace sólo dos años habría sido imposible de llevar a cabo, fue posible gracias a la tecnología de secuenciación rápida y de bajo coste de Illumina, una compañía dedicada a la genómica y con sede en San Diego. “El trabajo demuestra el valor de la aplicación de la tecnología de secuenciación de alta resolución a problemas de salud pública,” afirmó Carolina Ash, editora senior de la revista Science, donde la investigación fue publicada, durante una conferencia de prensa el miércoles. “En potencia, la tecnología podría apuntar al origen del brote y al origen de su expansión.”

Alrededor de un 30 por ciento de la población lleva consigo la bacteria estafilococo áurea en la piel, a menudo de forma inofensiva. Sin embargo para algunas personas los microbios pueden causar graves problemas, entre los que se incluyen infecciones cutáneas de seriedad, sepsis y la muerte. Las cepas resistentes a los antibióticos del virus emergieron en los años 60, y hoy día suponen más de la mitad de las infecciones adquiridas en hospitales en los EE.UU.

En el estudio actual, los investigadores secuenciaron 60 muestras de MSRA, algunas tomadas alrededor del mundo durante un periodo de 20 años, y algunas de un único hospital en Tailandia durante 20 meses. Aunque los métodos de análisis estándar, que analizan sólo una pequeña porción del ADN de los microbios, clasifican cada pieza aislada como si fuera del mismo subtipo, la secuenciación del genoma completo permitió a los científicos identificar diferencias genéticas muy pequeñas entre los microbios.

Los investigadores construyeron un árbol evolutivo de los microbios y confirmaron que la MSRA probablemente surgió por primera vez en Europa en los años 60, coincidiendo con el cada vez más extendido uso de los antibióticos para tratar las infecciones de estafilococos. El árbol también mostró que estos microbios desarrollaron la resistencia a los fármacos varias veces a lo largo de los últimos 40 años. “Esto demuestra que existe una inmensa presión selectiva provocada por el uso de antibióticos a lo largo del mundo,” afirmó Simon Harris, el autor principal del estudio, durante la conferencia de prensa.

Los investigadores también analizaron diminutas diferencias genéticas en las muestras de MSRA recogidas en un punto más localizado—un único hospital en Tailandia—y descubrieron una diversidad entre los microbios más grande de lo que esperaban. Esto sugiere que los pacientes fueron infectados por nuevas cepas que llegaron al hospital, en vez de por transmisiones entre los mismos pacientes, afirma Harris. Este descubrimiento podría afectar a las medidas de control. “Si se instauran medidas de control de infecciones en este hospital, sólo tendrán un éxito parcial puesto que, en este caso, parece que los pacientes están recibiendo la infección por otras fuentes,” afirma Sharon Peacock durante la rueda de prensa. Peacock es microbióloga clínica en la Universidad de Cambridge y también participó en la investigación.

(El análisis no afectará al modo en que los pacientes individuales son tratados, puesto que todas las variantes de MSRA son tratadas de igual modo. Los tests encargados de clasificar los subtipos de la bacteria son utilizados para hacer un seguimiento de la expansión de la infección, en vez de para tomar decisiones relativas a los tratamientos.)

Aún no está clara la forma en que la tecnología podría ser incorporada en las acciones estándar llevadas a cabo por la salud pública para hacer un seguimiento y controlar las infecciones de MSRA. “Creo que este método ampliará nuestro entendimiento de la evolución del MSRA, pero no creo que gane popularidad ahora mismo en los hospitales,” afirma Dan Diekema, médico y epidemiólogo en la Universidad de Iowa, y que no estuvo involucrado en el estudio. “Creo que la mayoría de los hospitales consideran que nuestros métodos de clasificación actuales son adecuados a la hora de guiar los esfuerzos de prevención. No tengo del todo claro cómo el hecho de haber realizado un análisis más detallado vaya a tener un impacto sobre los esfuerzos de prevención.”

Peacock espera solucionar esa cuestión a través de la continuación de los estudios. “Esperamos poder definir claramente a través de estudios futuros de esta herramienta cuál es su valor y cómo se puede incorporar dentro del entorno de un hospital,” afirmó. La tecnología tendría que someterse a cambios de gran importancia para poder pasar de ser una herramienta de investigación a una medida de vigilancia estándar. “Antes de poder ser adoptada dentro de la práctica clínica estándar, la tecnología tiene que adaptarse para que se pueda usar en cualquier gran laboratorio,” afirmó Peacock. “Queremos una interpretación no en términos de secuenciación sino en cuanto a la virulencia potencial que lleve consigo, así como en relación a sus posibles orígenes.”

En la actualidad, la secuenciación del genoma del MRSA lleva entre cuatro y seis semanas y cuesta alrededor de 300 dólares. “A pesar de que el tiempo de proceso se ha reducido dramáticamente desde años a semanas, aún no es una cantidad de tiempo práctica para su uso en entornos clínicos,” afirmó Stephen Bentley, autor senior del estudio. “Sin embargo creo que con la tecnología de secuenciación de tercera generación, el tiempo de espera podría reducirse a unas horas y el coste por muestra podría bajar hasta la marca de las 20 libras (alrededor de 30 dólares).”

El proyecto es parte de una tendencia cada vez mayor por capitalizar las cada vez más asequibles tecnologías de secuenciación y analizar los orígenes, la evolución y la migración de los componentes patógenos humanos. “Va a hacer falta que los científicos se pongan a pensar de forma realmente innovadora para que podamos explorar al completo el potencial de esta tecnología,” afirmó Bentley. Los investigadores del Instituto Sanger ya la han aplicado a una serie de organismos infecciosos distintos, incluyendo aquellos responsables de la tuberculosis, la neumonía y la meningitis.